SBOL: Open-Source-basierter Austausch für Biotech-Enthusiasten

Gerade in der aktuellen Zeit erleben wir, wie wichtig der Austausch zwischen Wissenschaftlern ist. Nahezu täglich gibt es neue Erkenntnisse, die untereinander besprochen und diskutiert werden müssen.

Dies gilt für die Lage in der aktuellen Pandemie genauso wie allgemein betrachtet in der (biotechnischen) Forschung.

Ein Beispiel: Der aktuelle Stand der Forschung macht es möglich, dass nicht nur das Genom von Bakterien und Viren vollständig kartografiert – bzw. wie es in der Fachsprache heißt „sequenziert“ – werden kann, sondern auch von Menschen und Tieren. Es geht noch weiter: Gene können nicht nur sequenziert, sondern auch vollständig synthetisiert und editiert werden. Die meisten kennen sicher die „Big Bang Theory“-Folge, in der ein leuchtender Goldfisch gezeigt wird. In dieser Darstellung ist das wissenschaftlich nicht korrekt, aber es ist möglich: Die Fische leuchten zwar nicht selbst, aber fluoreszieren, weil man ihnen das Gen einer fluoreszierenden Qualle oder Seeanemone eingesetzt hat. Durch dieses Wissen haben Anbieter wie PetCo & Co. so einen „GloFish“ mittlerweile in ihrem Angebotssortiment.

Um sich beispielsweise über solche Erkenntnisse mit anderen Biotechnologie Enthusiasten wie diese besser und unkompliziert austauschen zu können, hat sich eine Gruppe von Wissenschaftlern zusammengeschlossen und einen internationalen Standard entwickelt: Die Synthetic Biology Open Language, kurz SBOL. SBOL teilt sich hintergründig in zwei Teile:

Auf der einen Seite ist der grafische Teil „SBOL Visual“: Dieser beschreibt, welche Symbole für welche funktionalen Komponenten der DNA, RNA usw. – kurz dem „Zentralen Dogma der Molekularbiologie“ plus X – benutzt werden. Auf der anderen Seite ist der datenverarbeitende Teil SBOL Data. Dieser nutzt bereits existierende Prinzipien aus der Informationstechnologie wie z.B. die automatische Umwandlung von Basenpaarsequenzen in Symbole.